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COVID-19 : où en est-on pour les tests ?

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kihors ligne
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 (p539103)
Posté le: 09. Nov 2020, 08:50
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Oui bien sûr, les chiffres que je citais sont officiels aussi Wink mais plus synthétiques
et bien sûr personne ne peut nier la circulation active du virus.
Inévitablement, chaque indicateur pris indépendamment comporte un certain nombre de biais, d'où l'intérêt en effet de le rapprocher des autres.

Sauf erreur, seules les tranches 0-9 ans (111 patients ) et 70 ans et + (20639 patients) ont atteint les chiffres d'avril (les 10-19 et 60-69 s'en approchent et, demi-bonne nouvelle, les 20-59 sont à la moitié).

Sachant que les 0-9 ans sont très généralement asymptomatiques, ne peut-on pas légitimement s'interroger sur leur pathologie (bronchiolite, etc.), sont-ils "hospitalisés avec diagnostic covid-19" ou hospitalisés pour covid-19 ? Sans polémiquer, juste pour informer, cette question peut-elle aussi se poser pour les 70 ans et + ?

Bonne journée
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kihors ligne
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 (p539104)
Posté le: 09. Nov 2020, 09:18
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PS : C'est bien seulement d'interprétation dont il est question. Toutes ces données sont effectivement publiques et donc on ne peut plus démocratiques.
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bobettehors ligne
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 (p539108)
Posté le: 09. Nov 2020, 11:32
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ki a écrit:

Inévitablement, chaque indicateur pris indépendamment comporte un certain nombre de biais, d'où l'intérêt en effet de le rapprocher des autres.[...]

Sachant que les 0-9 ans sont très généralement asymptomatiques, ne peut-on pas légitimement s'interroger sur leur pathologie (bronchiolite, etc.), sont-ils "hospitalisés avec diagnostic covid-19" ou hospitalisés pour covid-19 ? Sans polémiquer, juste pour informer, cette question peut-elle aussi se poser pour les 70 ans et + ?


Tout dépend de l'info que l'on cherche et de la leçon qu'on peut en tirer.
Par exemple, pour savoir si le virus circule, il est indifférent de constater que les patients sont hospitalisés avec ou à cause du virus. Ils ont le virus.
Si par contre on veut savoir si certaines pathologies s'aggravent en présence du virus, ça peut avoir un intérêt, je suppose, notamment pour déterminer les catégories à risque.

Pour les variations par classe d'âge depuis le début de la pandémie, cela peut donner des indications sur les contextes de contamination... périodes avec écoles ouvertes ou non, (par exemple) bistrots/boîtes de nuit plutôt fréquentés par certaines catégories d'âge... et adapter (si possible) plus finement les décisions de confinement partiel et autres dispositions etc

Bon l'important en l'état des données, c'est que le virus circule.
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 (p539112)
Posté le: 09. Nov 2020, 13:54
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Oui le virus circule mais dans quel sens ?
Toi qui scrutes les hospitalisations, ne trouves-tu pas encourageant -voire intriguant- qu’alors que les enfants et adolescents vont à l’école et rentrent le soir à la maison, la courbe d’hospitalisation de leurs parents n’augmente pas au rythme du premier confinement, quand ils étaient confinés ensemble. Certaines voix appellent pourtant déjà à les reconfiner, pauvres zenfants.

« Si les écoles avaient joué un rôle important dans l'épidémie, leur nombre aurait donc dû exploser. Or, ça n'a pas été le cas. En outre, les données dans les pays qui ont rouvert les écoles n'ont pas révélé d'augmentation forte de la maladie chez les enseignants.

L'évolution du nombre de reproduction de l'épidémie au cours de la période estivale et pendant le mois de septembre (calculé à partir des données de tests positifs publiées par Santé Publique France) tend à montrer que les écoles ne sont pas l'épine dorsale de l'épidémie (NDLR : aussi appelé "R effectif", le nombre de reproduction est une estimation, sur les 7 derniers jours, du nombre moyen d'individus contaminés par une personne infectée). »


Vittoria Colizza, directrice de recherche Inserm au sein de l'Institut Pierre Louis d'épidémiologie et de santé publique (Inserm/Sorbonne Université), et Pascal Crépey, épidémiologiste et biostatisticien à l'Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique
https://www.lejdd.fr/Societe/Educat.....ts-et-adolescents-4003070Lien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre
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 (p539128)
Posté le: 10. Nov 2020, 02:13
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ki, j'avoue que je ne scrute pas tant que ça les chiffres, je le fais ponctuellement ou parce que je lis ou entends une info qui me paraît intéressante ou contradictoire avec ce que je constate autour de moi.

Je viens de le faire en rapport avec les derniers échanges... sinon je n'approfondis guère, sauf pour suivre la situation locale, chez moi et chez mes enfants.

Dans le collège de deux de mes petits-enfants (Yvelines), une partie des élèves a été "isolée" dès la deuxième ou 3ème semaine de la rentrée, si j'ai bien compris ce que les petites m'ont dit au téléphone. Je n'en sais pas plus.
Donc j'avoue que c'est égoïstement ce qui m'intéresse en premier lieu... et si je leur donne des conseils, je veux que ce soit sur les bases les plus solides possibles, donc j'essaie de me tenir au courant en suivant des sources que j'estime fiables en ce qui concerne la maladie elle-même et sa transmission.

En 2ème lieu, quand ça me paraît important, j'aime bien me forger un avis sur la base de données recoupées. Surtout parce que je n'aime pas me faire balader.
Il y a d'autres débats actuels qui me font bien plus souci, la COVID agit vraiment comme un révélateur du meilleur et du pire dans l'humanité.

Mais encore une fois, ce qui m'intéresse prioritairement en ce moment concerne ma petite tribu et ses soucis divers liés à la crise, pas seulement en ce qui concerne le/la COVID. En plus de me petits soucis perso hors COVID.

Désolée mais là je fais une indigestion, mon cerveau refuse de se replonger dans les chiffres et ce débat, il est bien trop pollué par d'autres préoccupations du jour.
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Messagece que l'on sait : charge virale, détection du virus

 
Posté le: 28. Nov 2020, 13:32
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Intéressant article de Marc Gozlan (faut un peu s'accrocher tout de même, pour ne pas se perdre entre notions qui se ressemblent), qui balaie large autour de la charge virale, de la détection des virus, de la contagiosité etc, bref, ce que l'on sait -ou pas- autour de la "dynamique" du virus et de sa détection :

"SARS-CoV-2 : que sait-on de la dynamique de la charge virale, des durées d’excrétion et de contagiosité du virus ?"

https://www.lemonde.fr/blog/realite.....de-contagiosite-du-virus/Lien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre

Les sous-titres :

L’évolution dans le temps de la quantité du virus SARS-CoV-2
Détection de l’ARN viral dans les prélèvements des voies respiratoires supérieures pendant environ deux semaines
Quatre-vingt-trois jours : durée d’excrétion maximale dans l’appareil respiratoire
Pic de charge virale pendant la première semaine de la maladie
Charge virale erratique dans les selles
Charge virale et sévérité de la maladie
Charge virale chez les sujets asymptomatiques et symptomatiques
Durée d’excrétion virale chez les asymptomatiques, présymptomatiques, symptomatiques
Aucun virus viable dans les échantillons respiratoires au-delà de 9 jours
Durée d’excrétion du virus dans les selles
Pas de virus viable en deçà d’un certain seuil de charge virale
Durée d’excrétion de virus viable dans les échantillons respiratoires
Études épidémiologiques et de modélisation
Forte hétérogénéité des études



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 (p539604)
Posté le: 30. Nov 2020, 07:27
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Covid-19 : la HAS se prononce sur les tests salivaires RT-LAMP et met à jour les indications des tests antigéniques

La mise à disposition continue de données sur les tests, notamment dit « rapides », entraine des évolutions de la stratégie de diagnostic et de dépistage de la Covid-19. Pour ce qui est des tests antigéniques, la HAS se prononce aujourd’hui en faveur de leur utilisation chez les personnes contact. Elle rend aussi deux avis sur les tests salivaires RT-LAMP. Tandis que ceux dits “non intégrés” ne sont aujourd’hui pas recommandés, les systèmes dits “intégrés” (EasyCov®) pourraient être utilisés chez les patients symptomatiques chez qui un test nasopharyngé est difficile ou impossible.

https://www.has-sante.fr/jcms/p_3221157/fr/covid-19-la-has-se-prononce-sur-les-tests-salivaires-rt-lamp-et-met-a-jour-les-indications-des-tests-antigeniques
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MessageEvaluation TRA

 (p539954)
Posté le: 13. Déc 2020, 19:10
Merci. Ce message m'a été utile ! dit : bobette
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Citation:
Évaluation de la performance diagnostique de neuf tests rapides antigéniques COVID-19

Une évaluation comparative de neuf tests rapides antigéniques – TRA - (dont un avec lecteur) a été réalisée par le laboratoire de virologie et le service de santé publique des Hôpitaux Universitaires Henri-Mondor
|...]
Ses conclusions sont les suivantes :

- Parmi les neuf TRA testés, les tests AMP, Novel et Sofia ont fait la preuve des meilleures performances (équivalentes à celles du test AAZ évalué dans la première série) en matière de sensibilité et de spécificité, compatibles avec leur utilisation dans le cadre du diagnostic précoce de l’infection et de dépistages à large échelle ou de masse.

- Sur la base des données étudiées, les tests Certest, GenBody, Nadal, Gensure, QuickProfile et Toda n’ont pas démontré une sensibilité suffisante pour être utilisés dans les indications des TRA COVID-19.
Plusieurs autres tests antigéniques COVID-19 sont en cours d’évaluation et feront l’objet d’actualisations de ces résultats.
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 (p540007)
Posté le: 16. Déc 2020, 05:31
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mais à quoi servent ces tests au juste?

si le résultat est négatif,il ne vaut que pour 1 journée.....

si le résultat est positif,oui il faut s'isoler
.......mais ceux qui continuent de circuler sont légion!!

il faut s'isoler......ET être soigné:quel traitement?

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 (p540008)
Posté le: 16. Déc 2020, 07:43
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Coucou Shannon,

Ces tests diagnostiques sont bien sûr indispensables. Statistiquement, pour évaluer la circulation du virus et stratégiquement : s'il est positif, je m'isole ; s'il est négatif après une semaine d'auto-confinement, je fonce chercher mes parents (avec le masque évidemment).

Perso, je me pose surtout la question des tests sérologiques. A l'heure du vaccin, il serait bon de se demander si on n'est pas déjà immunisé.
Wink

Bonne journée
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MessageTests VivaDiag - faux positifs

 (p540011)
Posté le: 16. Déc 2020, 09:25
Répondre en citant

L'ansm demande aux pharmaciens de ne plus utiliser les tests rapides VivaDiag en raison de faux positifs - Point d'Information
14/12/2020

Citation:
Nous avons été informés de l'obtention de résultats faussement positifs obtenus avec le test rapide VivaDiag Test Rapide SARS-CoV-2 (société VivaChek), dans plusieurs pharmacies en France.

Les investigations menées par l’ANSM confirment que les performances et la sécurité d'utilisation de ce dispositif ne sont pas garanties.

Consignes pour les pharmaciens

Nous demandons donc à l'ensemble des pharmacies d'officine de ne plus utiliser le test rapide VivaDiag Test Rapide SARS-CoV-2 Ag et de mettre en quarantaine tous les lots en votre possession. Des consignes complémentaires vous seront communiquées ultérieurement
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Messageanticorps

 (p540022)
Posté le: 16. Déc 2020, 17:14
Répondre en citant

d'accord Ki,merci

niveau vaccin,oui vérifier si on n'a pas déjà des anticorps
et lesquels
car ce virus mute parait-il......?
la couverture de ce vaccin?

je me demande si dans les EHPAD toutes les précautions sont prises Crying or Very sad
bon,je l'espère

et moi perso avec hashimoto je préfère l'élaboration d'un traitement.

bonne soirée à toi et tous

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bobettehors ligne
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Messageles différents tests - la réponse immunitaire

 (p540106)
Posté le: 19. Déc 2020, 14:57
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Mise à jour officielle (avec hyper-liens pour approfondir) sur les différents types de tests : https://sante.fr/coronavirus-covid-.....ur-les-tests-de-depistageLien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre

Point de vue officiel Suisse : https://www.bag.admin.ch/bag/fr/hom.....ien/novel-cov/testen.htmlLien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre

Point de vue canadien (daté du 7 décembre, et qui montre que c'est n'est pas une affaire simple), sur les tests sérologiques (prise de sang) et la réponse immunitaire de l'organisme :

Citation:
Sérologie du SRAS-CoV-2 (COVID-19) : Répercussions sur la pratique clinique, la médecine de laboratoire et la santé publique

POINTS CLÉS
Plusieurs tests sérologiques commerciaux servant au dépistage des anticorps anticoronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) ont été approuvés par Santé Canada, et certains fabricants les disent dotés d’une sensibilité de 95 % et d’une spécificité d’environ 99,5 %.

Il n’a pas encore été démontré que la présence d’anticorps anti-SRAS-CoV-2 détectables confère une immunité significative ou durable contre la réinfection. C’est pourquoi les tests sérologiques ne devraient pas guider les décisions individuelles relatives à l’exposition personnelle ou professionnelle, à l’utilisation de l’équipement de protection personnelle et à la distanciation physique.

À l’heure actuelle, les indications cliniques des tests sérologiques dans les établissements de santé sont limitées et le dépistage sérologique du SRAS-CoV-2 n’a aucun impact sur la prestation des soins cliniques de routine.

Pour l’instant, les tests sérologiques devraient servir principalement à la recherche concernant l’immunité contre le SRAS-CoV-2 et à des études de population pour éclairer les réponses de la santé publique face à l’épidémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) au Canada.


Et quelques extraits en vrac :
Citation:

[...] il faut habituellement attendre au moins 7 à 14 jours, voire plus, après le déclenchement des symptômes pour obtenir un titre d’anticorps anti-SRAS-CoV-2 mesurable et fiable.
[...]
Même si on considère généralement que les anticorps IgM (immunoglobuline M) et IgA (immunoglobuline A) apparaissent tôt dans la plupart des infections virales aiguës, on ignore si c’est le cas avec le SRAS-CoV-213. Dans la COVID-19, comme dans le SRAS et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (SRMO), les taux d’anticorps IgM et IgG semblent tous deux détectables environ 2 à 3 semaines après l’apparition des symptômes ou l’exposition6,7,14,15. Toutefois, dans certains cas légers et asymptomatiques, les anticorps peuvent être indétectables, du moins à l’intérieur de la période à laquelle certaines études récentes font référence (< 46 j)
[...]
Les tests commerciaux disponibles ciblent 1 ou plus des 3 isotypes d’anticorps (c.-à-d., IgA, IgM ou IgG), ou toutes les immunoglobulines.
[...]
Les tests de neutralisation sont considérés comme la norme pour le dépistage des anticorps en raison de leurs grandes sensibilité et spécificité, mais ils ne sont pas facilement accessibles.[...] Ces tests requièrent une expertise spécialisée
[...]
La sensibilité et la spécificité sont indissociables du rendement des tests, mais leur valeur prédictive dépend toujours de la prévalence de l’infection au sein d’une population donnée. Par exemple, si la prévalence de la maladie dans la population n’est que de 1 %, même un test diagnostique hautement spécifique (spécificité de 99 % ou seulement 1 résultat faux positif sur 100 résultats-patients) prédirait environ 1 résultat faux positif pour chaque résultat vrai positif
[...]
Selon la cible antigénique utilisée, la détection d’anticorps fixés peut être en corrélation avec la détection d’anticorps neutralisants qui, comme on le mentionnait précédemment, bloquent la liaison virale et neutralisent l’infection in vitro (d’où le terme anticorps neutralisants). Les anticorps neutralisants peuvent être plus utiles pour déterminer l’immunité, mais le débat continue quant à leur rôle comme principal mode de protection immunitaire contre le SRAS-CoV-2
[...]
Mais des études sur la réponse immunitaire au SRAS-CoV-2 ont laissé entendre qu’une proportion substantielle de patients asymptomatiques sont IgG-négatifs durant la phase convalescente de l’infection36. Et selon de récentes données probantes, les anticorps anti-SRAS-CoV-2 neutralisants diminuent chez les patients convalescents dans les 2 à 3 mois qui suivent l’infection36,41. En revanche, une persistance des réponses liées aux lymphocytes T à mémoire pendant plusieurs années a été signalée avec le SRMO-CoV et le SRAS-CoV-132,33; on en déduit que la baisse des titres d’anticorps n’est peut-être pas incompatible avec l’immunité. Le lien entre les anticorps mesurés et la durée de la protection reste donc à déterminer.
[...]
Pour l’instant, les tests sérologiques pour le SRAS-CoV-2 devraient servir à guider la réponse de la santé publique face à l’épidémie au Canada plutôt qu’à estimer la sensibilité actuelle ou future des individus à l’infection. Ils devraient être principalement réservés à la recherche clinique et à l’évaluation de la prévalence des infections passées au SRAS-CoV-2 dans la population.


https://www.cmaj.ca/content/192/49/E1776Lien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre
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shannon
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Messagele test salivaire

 (p540792)
Posté le: 18. Jan 2021, 01:56
Merci. Ce message m'a été utile ! dit : bobette
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Citation:
Désormais remboursé, le test salivaire EasyCov va-t-il être (enfin) largement autorisé ?

France – Le test salivaire EasyCov est désormais remboursé par la Sécurité sociale, d'après un arrêté publié le 5 janvier au Journal Officiel. Comme son nom l'indique, il a l'avantage d'être simple d'utilisation. Il est aussi rapide et présente une sensibilité bien meilleure que les tests antigéniques si bien qu'il est déjà utilisé à l'étranger et dans des entreprises privées. Avec son remboursement, il pourrait entrer – enfin, considèrent ses concepteurs de la biotech française SkillCell et du CNRS – largement et officiellement dans le dispositif de dépistage de l'infection au SARS-CoV2.

Plus économique, plus rapide et plus facile d’utilisation :

Fin novembre dernier, la Haute Autorité de Santé (HAS) avait donné un avis favorable sur l’utilisation et le remboursement de ce test chez les patients symptomatiques pour lesquels le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficilement réalisable. « C'est une démarche classique de la HAS de restreindre un nouveau dispositif à des cas particuliers. Mais je pense que rapidement le test sera autorisé pour tout le monde », indique Franck Molina du laboratoire Sys2diag (CNRS/Alcen) qui a mis au point EasyCov.

Plus économique, plus rapide et plus facile d’utilisation que le test RT-PCR, EasyCoV est pourtant déjà utilisé dans différents pays (Belgique, Italie, Espagne) et dans des aéroports internationaux depuis juillet... « En France, un EHPAD de Vendée y a aussi recours pour son personnel et les résidents, les tournages de cinéma et même certaines entreprises qui testent leurs salariés s'en sont dotés » énumère-t-il.

Interrogé par Medscape édition française, Franck Molina explique son retard dans l'hexagone : « Alors qu'on sentait une vraie opposition de principe au test salivaire, cette résistance intellectuelle n'est plus d'actualité ». Selon lui, il faut que les Agences régionales de santé (ARS) positionnent le test salivaire auprès des médecins généralistes. « Avec le remboursement, cela va se clarifier » espère-t-il.

86% de sensibilité :

Le test salivaire EasyCov utilise la technologie RT-LAMP pour amplifier l’ARN viral puis révéler ou non sa présence dans un échantillon salivaire après un chauffage à température constante (65°C). Le résultat est donné par colorimétrie en quarante minutes.

«Easy Cov coûte deux à trois fois moins qu'un test RT-PCR sur un prélèvement nasopharyngé avec un niveau de fiabilité équivalent » explique Franck Molina. La sensibilité est de 86 %, mais la spécificité est de 92%, contre 99% requis par la HAS qui préconise donc la réalisation d'un test RT-PCR de confirmation en cas de positivité au SARS-CoV2 avec le test EasyCov.

Quid des nouveaux variants anglais et sud-africains ? Franck Molina se veut rassurant en expliquant que le problème des mutations a été contourné dès l'élaboration du test en utilisant des zones de l'ARN viral qui mutent très peu.

Des dentistes, « cobayes » enthousiastes :

Interrogé par Medscape édition française, le Dr Eric Lenfant, président de l'URPS chirurgien dentiste de la région Auvergne Rhône-Alpes, témoigne de l'utilisation du test. « En septembre, nous avons expérimenté le test EasyCov dans environ 200 cabinets dentaires. Les chirurgiens dentistes et le personnel se sont prêtés au jeu. Nous sommes très enthousiastes car nous avons constaté une très bonne fiabilité d'un test qu'on peut réaliser directement au cabinet ».

Eric Lenfant considère qu'il ne faudrait pas tester tous les patients mais plutôt ceux qui ont un rhume ou qui voyagent beaucoup. Ce dépistage sans acte agressif augmenterait l'acceptabilité de la patientèle.

Ce qui lui plaît le plus ? « la facilité d'utilisation : il suffit d'une prise sur le secteur et de faire deux transferts faciles dans des microtubes ». Pour cette profession particulièrement exposée, pouvoir réaliser des tests fiables représenterait un progrès considérable. Cela dit, pour l'instant, la HAS n'autorise que les laboratoires de biologie médicale et les médecins à faire de ce dépistage. Et encore, le cadre dans lequel ces tests seront accessibles est encore flou.


https://francais.medscape.com/voirarticle/3606774Lien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre

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MessageVariants : Criblage et/ou séquençage

 (p541501)
Posté le: 13. Fév 2021, 12:18
Répondre en citant

Citation:
Depuis le 23 janvier 2021, tous les tests RT-PCR positifs donnent lieu à un deuxième test, dit de criblage, qui recherche les mutations des variants d’intérêt : Britannique (UK), Sud-Africain et Brésilien (SAB)."

Les données présentées ici sont issues de notre groupement de 712 laboratoires répartis sur tout le territoire national (Biogroup réalise 25% des tests RT-PCR réalisés en France) :

https://biogroup.fr/actualites/donn.....ogiques-variants-covid19/Lien qui quitte ce forum et ouvre une nouvelle fenêtre



Si le criblage permet d’identifier les variants connus, il ne faut pas négliger le séquençage qui permet de détecter les nouveaux variants.
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COVID-19 : où en est-on pour les tests ?

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